小峯寺は、和歌山県橋本市境原にある高野山真言宗の寺院である。
寶雲山法蓮院と号し、本尊は馬頭観音である。
紀伊名所図会、紀見村郷土誌には、「役行者の開基にして、山伏（山臥）の行所なり」と記され、鎌倉時代初期の「諸山縁起」に当寺が記載され、南北朝時代は金剛山転法輪寺（現奈良県御所市）配下で、修験寺院として栄えた。
現在も本堂前に、葛城根本道場の石碑が建てられている。
江戸時代に鋳造された梵鐘の銘文に「山は五色の霧が山いっぱいにたちこむることから山号を寶雲山と名づく。小峯寺の名称は修験道の霊場大和国大峯山に対比していう」と記されている。
かつては、寺中に五坊があったが、天正年間（1573-92）の兵火で焼失したと言われている。
境内には、天授5年（1696年）銘の宝篋印塔があり、橋本市指定文化財となっている。
役行者の母君 白専女御前の墓所とされる十三重塔が寺領にある。
また、境原村の檀那寺、東光寺（明治維新で廃寺）の本尊であったと伝えられる、木造薬師如来坐像がある。
令和２年（２０２１）に「葛城修験」が日本遺産に認定され、小峯寺も構成文化財となっている。
南海高野線林間田園都市駅からバスで初芝橋本高校前下車、徒歩5分。参拝者用の駐車場がある。
