吉水神社は、奈良県吉野町にある神社である。
もとは役小角が創建した吉水院という金峯山寺の塔頭の一つであったが、明治時代に神仏分離が行われ、明治８年に「吉水神社」と改められた。
吉水神社は、様々な時代の歴史の舞台となったところとして知られている。
文治元年（1185年）源義経が静御前や弁慶とともに身を潜めた所で、延元元年(1336年）には、吉水院宗信が後醍醐天皇を迎え、しばらく行宮とした。文禄3年（1594年）に豊臣秀吉が盛大な花見を催いた時には、本陣となった。
本殿は、寺であった時の護摩堂で、後醍醐天皇を祭神とし、楠木正成と吉水院宗信法院を合祀している。
入母屋造、檜皮葺の書院は、日本住宅建築史上最古の書院として、世界遺産に登録されている。
書院内部には、室町時代初期の様式である義経潜居の間、桃山時代の様式である後醍醐天皇玉座の間がある。
また、豊臣秀吉愛用の金屏風など多くの文化財が展示されている。
近鉄吉野線吉野駅からロープウェイで吉野山駅下車、徒歩20分。
