三宝院は、和歌山県高野山往生院谷（蓮花谷）にある真言宗の別格本山である。
本尊は金剛界大日如来像である。本堂には、運慶作と伝わる北面大師像（和歌山県指定文化財）が祀られている。
寺伝によると、弘法大師の母 玉依御前の居所として山下の慈尊院境内にあったが、玉依御前が入寂した後、山上に移したといわれる。
鎌倉時代の信堅院号帳や文明5年（1473）の諸院家帳には和泉阿闍梨源空建立とされている。
毎年旧暦3月21日の正御影供には「つまむぎの甘酒」が、当院から奥の院に献じられている。
これは玉依御前が自らの爪で、粟、米の皮を剥いて酒を造り、弘法大師に届けた古事に由来する。
寺宝として、不空羂索神変真言経（国宝）、五行大義巻第五・白氏文集巻第三巻残巻・文鏡秘府論（国指定重要文化財）がある。また、勅封をして当院に安置したという大弁財天像がある。
高屋肖哲筆の表広間の襖絵には、謡曲「高野物狂（こうやものぐるい）」に「紅葉三宝院」と謳われた紅葉が描かれている。
境内には、源空上人が埋納したと伝わる平中将重衡の首塚がある。→ 平重衡塚
当院は、準別格本山高祖院と増長院の名跡を有している。
南海電鉄高野線高野山駅からバスで蓮花谷下車。
